Le 3 septembre 1939, la France déclare la guerre à l'Allemagne. Ce mois-là, 500 moteurs seront produits par Gnome et Rhône. En 1940, 1 000 moteurs par mois sortiront de ses usines. Malheureusement les sociétés de construction d'avions, nationalisées en 1937 et qui n'ont pas pu achever leur réorganisation, ont du mal à faire face aux cadences de production nécessaires au conflit.

Plusieurs avions capables de rivaliser avec le tout nouveau Messerschmitt BF109E allemand sont mis en service précipitamment : Bloch 152 à moteur Gnome et Rhône 14N en 1939, Dewoitine 520 à moteur Hispano-Suiza 12Y en 1940. Le très moderne bimoteur de reconnaissance Bloch 174 motorisé par Gnome et Rhône sera produit à quelques exemplaires. Ce sera la monture d'Antoine de St Exupéry, pour la mission de reconnaissance au dessus d'Arras décrite dans son célèbre livre " Pilote de Guerre ". Quant au très prometteur Arsenal VG 33 motorisé par Hispano-Suiza, il ne sera pas opérationnel et arrivera trop tard pour la bataille de France.

1939 - 1944 : la France perd son avance

De juin 40 et à mi-44, Gnome et Rhône et Hispano-Suiza, comme l'ensemble de l'industrie française, sont contraintes de travailler pour l'occupant allemand. Gnome et Rhône poursuit sa propre production de moteurs et participe à celle des moteurs BMW. Pendant les heures sombres de l'Occupation, les membres de la direction restent en place. Ils tentent de préserver les hommes et l'outil de production, alors que l'entreprise mène une action de contre-productivité et de sabotage soutenue : la société produit 8 500 moteurs pendant les 55 mois d'occupation, alors que les allemands en prévoyaient 25 000 ! S'y ajoutent les sabotages de moteurs, la poursuite d'études secrètes et la protection des travailleurs réquisitionnés pour le STO (Service du Travail Obligatoire) en Allemagne.

En 1941, Gnome et Rhône absorbe la SNCM, ancienne Société des Moteurs et Automobiles Lorraine. L'état de l'entreprise se dégrade de plus en plus avec la fin du conflit : en mai 1944, la grande usine de Gennevilliers, qui abrite notamment les fonderies de Gnome et Rhône, est entièrement détruite par un bombardement américain.

Pendant l'Occupation, l'industrie française a accumulé un retard technique considérable sur celles des autres alliés. Les Etats-Unis notamment ont produit en 1944 plus de 250 000 moteurs. Elle doit rattraper les avancées américaines (Pratt et Whitney, Wright, Allison), britanniques (Rolls-Royce, Napier, Bristol), et surtout allemandes (Daimler-Benz, BMW et Junkers). Par ailleurs, la France est complètement absente de la propulsion par réaction.

Reconstruction et création de Snecma

En 1945, l'activité industrielle aéronautique française est à reconstruire : les usines sont détruites, les programmes dépassés, la productivité en chute. Les moyens industriels de Gnome et Rhône sont réduits : l'occupant a transféré de nombreuses machines en Allemagne et la plupart des usines ont été bombardées par les alliés.

La production reprend avec la réparation des chars américains Sherman. Les commandes d'armement chutent, la société diversifie alors ses produits en fabriquant des tracteurs, des écrémeuses, des autoclaves, des mitraillettes et… des motocyclettes.

Hispano-Suiza, de son côté, par achat de licence ou en coopération, produira des moteurs Nene, Tay et Tyne, et motorisera les avions Mistral, Vampire, Ouragan ...

Pour restructurer l'industrie des moteurs d'avions, le gouvernement français nationalise Gnome et Rhône le 29 mai 1945 et crée la " Société Nationale d'Etude et de Construction de Moteurs d'Aviation ", Snecma.

Snecma regroupe sous son nom la plupart des motoristes précurseurs de la naissance de l'aviation : Gnome et Rhône, Renault, Lorraine. Elle est certes la plus ancienne société de moteurs d'avions au monde mais son retard technologique est considérable. Tout en maintenant la production de moteurs à piston Hercules (licence achetée à la Bristol Aerospace Company) qui équiperont les Noratlas jusqu'en 1964, Snecma s'oriente dès la sortie de la guerre vers le développement du moteur à réaction. Le moteur à piston est dépassé, le terme " puissance " est obsolète, on parlera désormais de " poussée ".

Le " groupe O " et la famille Atar

Entre 1945 et 1964, Snecma contribue au redressement de l'industrie aéronautique française grâce à son président Henri Desbruères. En 1945, il crée les départements " Essais et vol " et " Réaction " qui réparera les turboréacteurs américains Pratt & Whitney et britanniques De Havilland. Le département Réaction de Snecma séduit des ingénieurs de la société Rateau, spécialisée dans la turbopropulsion, afin de développer un turbopropulseur. Deux modèles (appelés "TA" de 1 500 et 5 000 ch) seront produits mais abandonnés 10 ans plus tard.

Comme les gouvernements américain, anglais et soviétique, le gouvernement français s'intéresse aux avancées technologiques allemandes et en particulier au docteur Oestrich, responsable de la division turboréacteur chez BMW (Bayerische Motor Werke). Ce dernier s'installe avec une équipe technique de 120 ingénieurs allemands au bord du lac de Constance, à Lindau-Rickenbach, dans une ancienne usine Dornier : le groupe O est né. Le turboréacteur Atar sera sa plus grande réussite.

Rattaché à la Société Voisin, filiale de Snecma, le groupe O de l'Atelier aéronautique de Rickenbach, est chargé de concevoir un turboréacteur français s'inspirant du BMW 003. L'appellation de l'Atelier est reprise pour donner son nom au premier réacteur qui sortira de l'usine : l'Atar (ATelier Aéronautique de Rickenbach). Une nouvelle ère s'ouvre pour les moteurs militaires. Le 26 mars 1948, l'Atar 101 V1 tourne en développant une poussée de 1,7 tonne.

Ces moteurs signent avec brio le renouveau des ailes françaises en équipant les avions de combat Dassault : Mystère, Super-Mystère, Vautour, Etendard, Mirage III, IV, V. Pour la première fois depuis la guerre, des avions en escadrilles vont être motorisés par des moteurs français.

Le 29 novembre 1952, un Mystère II vole avec un Atar 101D. En 1958, débutent les essais en vol du Mirage III A, qui atteint rapidement Mach 2 en palier, performance réalisée pour la première fois en Europe. Quant au bombardier Mirage IV (1er vol en 1959), propulsé par deux Atar 9D, il bat, le 19 septembre 1960, le record du monde de vitesse en circuit fermé à 1 820 km/h. La coopération Snecma - Dassault fait connaître au Mirage un grand succès à l'exportation.

Tout en poursuivant le développement de l'Atar, le motoriste Snecma se fait avionneur en développant de 1952 à 1959 un programme d'avion à décollage vertical. L'Atar C 400 P2, appelé " Atar volant ", effectue son premier vol de démonstration en 1957, suivi par la construction du C 450, " Coléoptère  ", avion expérimental à aile annulaire. En juillet 1959, le crash du C 450, dont le pilote sortira gravement blessé mais vivant, mettra fin à ce programme.